1、客户(自然人)将1000万定向委托投资款转入我公司（资金管理公司），我公司将投资款转到第三方（项目）。

2、第三方到期把投资款加收益1200万汇入我公司，公司留100万收益，把1100万转回给客户。

问题：1、客户的收益是否代扣代缴个人所得税，税率是多少？2、给第三方开具的发票是我公司收益部分的100万，还是要含客户收益的200万？能否差额纳税？

答：《国家税务总局稽查局关于2017年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函﹝2017﹞165号）明确了，对于企业代个人持股的所得税征收，《国家税务总局关于企业转让上市公司限售股有关所得税问题的公告》(2011年第39号)第二条有明确规定：“因股权分置改革造成原由个人出资而由企业代持有的限售股……企业转让上述限售股取得的收入，应作为企业应税收入计算纳税”。对代持股票转让的营业税征收以及企业之间代持股票转让的企业所得税征收，应按其法定形式确认纳税主体，以代持方为纳税人征收营业税及所得税，如委托方已将收到的转让款缴纳了营业税及所得税，且两方所得税又无实际税负差别的，可以不再向代持方追征税款。

据此， 企业代个人持股或代理财，以代持方为纳税人计缴增值税及所得税 。自然人分得税后收益，应按“利息、股息、红利所得”20% 计缴个人所得税，由支付单位代扣代缴。