案例
　　武汉L科技有限公司成立于2012年，注册资本900万元，其中法人股东北京某科技公司出资额459万元，持股比例51%;自然人股东马某出资额441万元，持股比例49%。2015年6月，因公司发展需要，马某与海南省某科技公司签订股权转让协议，以协议(合同)价格200万元将其持有L公司10.4%股份(对应出资额为93.65万元)转让给该公司，海南某科技公司同时增资扩股。股权转让及增资扩股后，L公司注册资本达1240.54万元，海南某科技公司出资额为434.19万元，马某出资额变更为347.35万元。2015年8月，三方向工商管理部门提交了股权变更申请。
　　税务机关在核实该公司股权变更和核定马某本次股权转让成本过程中，通过核查该公司成立时的股权结构及出资情况，发现公司2012年成立之初，马某出资额中技术出资431.74万元、现金出资9.26万元，技术出资经某专业机构进行了资产评估，评估价值为431.74万元。经进一步审查，初步认定马某应负有“财产转让所得”的个人所得税纳税义务，原因一是公司成立时马某以非货币性资产投资入股，二是本次以高于市场价的价格转让其持有的部分股权，应依法缴纳个人所得税。

　　法规依据
　　《财政部、国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税〔2015〕41号)、《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》(国家税务总局公告2015年第20号)规定，个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。个人以非货币性资产投资，应于非货币性资产转让、取得被投资企业股权时，确认非货币性资产转让收入的实现。
　　《国家税务总局关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法(试行)〉的公告》(国家税务总局公告2014年第67号)规定，出售股权应按“财产转让所得”缴纳个人所得税。

　　涉税处理
　　1.质疑
　　马某在本次股权变更过程中，对税务机关的处理提出两点质疑：
　　第一，马某在公司成立之初以非货币性资产投资入股的时间是2012年底，而税务机关依据的财税〔2015〕41号文件是2015年公布的。依据《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》(国税函〔2005〕319号)“对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税”的规定，马某主张该投资应在收回、转让或清算股权有所得时再征收个人所得税。
　　第二，马某主张本次非货币性资产股权转让合同虽然约定交易价格为200万元，但海南省某科技公司第一次只支付了转让价格100万元，应按照实际支付价款确认转让价格。

　　2.沟通
　　针对质疑之一，马某主张的国税函〔2005〕319号文件已被《国家税务总局关于公布全文失效废止部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》(国家税务总局公告2011年第2号)废止。同时，财税〔2015〕41号文件规定，个人应在发生以非货币性资产投资，应于非货币性资产转让、取得被投资企业股权时，确认非货币性资产转让收入实现行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。对2015年4月1日之前发生的个人非货币性资产投资，尚未进行税收处理且自发生上述应税行为之日起期限未超过5年的，可在剩余的期限内分期缴纳其应纳税款。据此，虽然马某在公司成立之初以非货币性资产投资入股的时间为2012年底，仍应按规定缴纳个人所得税。
　　针对质疑之二，国家税务总局公告2014年第67号第九条规定，纳税人合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应作为股权转让收入。马某虽当期实际收到价款100万元，但股权转让合同明确约定了本次股权变更支付价款为200万元，故纳税人应以合同、协议约定的价格确认转让收入。
　　税务机关依据相关规定提出上述观点，经与纳税人沟通，最终达成共识，纳税人依法计算补缴了税款。

　　启示建议
　　1.自然人股权变更税收管理业务政策性、专业性较强，业务相对复杂，税务人员应加强税收、财会业务学习，做到依法征收，以理服人，融洽征纳关系。
　　2.税务机关应增强工作的主动性，不断完善税务和工商部门对股权变更的联合控管制度，在日常管理环节着重留意企业股东变化情况，严格审核企业增减资产带来的股权变化，发现股权异动后及时介入调查并补征税款，积极化解执法风险。
　　3.完善征管措施，严格报告制度，加强核查比对，进一步强化税务、工商部门企业股权变更信息共享，做好股权信息台账的精准审核，强化案卷评查，全面加强股权变更相关税款的控管。