免抵退企业与一般的增值税纳税人不同，在填写增值税申报表时还受到退免税相关文件的约束，具体表现为增值税申报表与免抵退申报汇总表存在一定的关联。对于免抵退纳税人，在填写增值税申报表时应与免抵退申报汇总表进行关联分析。

　　同期报表差额分析
　　免抵退税申报汇总表与增值税纳税申报表出现差额的项目有两个，分别是：“免抵退出口货物劳务计税金额”和“免抵退税不得免征和抵扣税额”。
　　1.“免抵退出口货物劳务计税金额”以前不会出现差额，现在一般都会出现差额。
　　《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第24号)规定，“企业当月出口的货物须在次月的增值税纳税申报期内，向主管税务机关办理增值税纳税申报、免抵退税相关申报及消费税免税申报。”依据该文件申报时不会出现“免抵退出口货物劳务计税金额”的表差。
　　但《国家税务总局关于调整出口退(免)税申报办法的公告》(国家税务总局公告2013年第61号)调整了免抵退税相关申报及消费税免税申报的规定，对增值税纳税申报未作调整，导致免抵退税相关申报与增值税纳税申报口径不一致，免抵退税申报汇总表是单证信息齐全了后填写，而增值税纳税申报表是实行会计制度的权责发生制填写。从而“免抵退出口货物劳务计税金额”与增值税纳税申报表形成差额是必然的，所以对于“免抵退出口货物劳务计税金额”出现的差额属于正常事项。
　　2.“免抵退税不得免征和抵扣税额”一般不允许出现差额。
　　根据国家税务总局公告2013年第61号规定，生产企业应根据免抵退税正式申报的出口销售额即单证信息收齐出口额计算免抵退税不得免征和抵扣税额，并填报在当期《增值税纳税申报表附列资料(二)》“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”栏(第18栏)、《免抵退税申报汇总表》“免抵退税不得免征和抵扣税额”栏(第25栏)，故免抵退税申报汇总表与增值税纳税申报表的“免抵退税出口额”和“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”一般不会出现差额。

　　如果出现差额做如下分析
　　1.该差额是当期申报时未遵循国家税务总局2013年第61号公告产生的，企业应注意申报流程，进行更正申报。
　　举例说明：生产企业要进行所属期201407的增值税纳税申报，且也要进行所属期201407的免抵退税申报，该企业应先去主管税务部门进行免抵退税申报预审，如果单证信息齐全即进行出口明细录入，生成明细数据、汇总数据;其次进行增值税纳税申报，按照免抵退税汇总表上的第25栏填写增值税纳税申报表附列资料表二第18栏;最后去主管税务机关进行免抵退税正式申报，如此操作，该企业免抵退税对审时出错率会较低。
　　2.该差额是历史原因形成的，企业应进行数据追溯，分析具体的原因，并做相应处理。
　　例如，所属期2014年6月免抵退税申报汇总表第25栏“免抵退税不得免征和抵扣税额”与增值税纳税申报表出现差额，说明增值税申报时进项转出过多或过少了，而该转出应进入企业生产成本，故应在2014年7月进行账务调整，调整“主营业务成本”和“应交税费应交增值税进项税额转出”的金额，并将该差额在所属期2014年7月增值税纳税申报表附列资料表2第18栏“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”进行调整。

　　跨期报表逻辑关系分析
　　增值税纳税申报表主表中的第15栏“免抵退货物应退税额”不是系统自动生成，需要填入，按照主管税务部门审核确认的上期《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》中的第36栏“当期应退税额”填报。举例：企业审核通过的所属期201406的免抵退税申报资料应退税额60万元，企业于8月15日前进行所属期201407的增值税纳税申报时，增值税纳税申报表主表“免抵退税货物应退税额”填写所属期201406的免抵退税汇总表上的当期应退税额60万元。所以，在进行所属期201407增值税申报时，企业应将上月审核通过的免抵退申报汇总表作为增值税申报表的附带资料。