(四)重视收支类项目的审计
　　新修订的《高校会计制度》规定独立核算单位的资产、负债和净资产加总计入总资产负债表，内部往来款项予以抵销;独立核算单位的收入和支出，以抵减后的净额加总计入高校财务报表的“其他收入”项目。所以编制高校汇总财务报表时，校办企业、后勤集团审计必须先做好独立核算单位审计。
　　经营类收支业务，包括经营收入、附属单位缴款、投资收益、其他收入以及经营支出、后勤保障支出，对附属单位支出、其他支出，分类很细，这几个科目信息量很大。
　　笔者一直疑惑，《高校会计制度》设计了一个附属单位缴款，一个其他收入(含投资收益)，为什么还要设计一个经营收入?经营收入是高校及独立学院非独立核算经营活动取得的收入。那么，高校会有哪些经营收入呢?主要有学生缴纳的超时上机服务费，横向科研经费，出租、出借高校设备资产，赞助费，版面费，招投票书发售，赔偿，废品处理等。那么，高校的其他收入又包括哪些内容呢?笔者认为，主要包括非同级财政部门取得的不属于科研事业收入的经费拨款、投资收益、银行存款利息收入、租金收入、捐赠收入、现金盘盈收入、存货盘盈收入、收回已核销应收及预付款项、无法偿付的应付及预收款项等。租金收入与经营收入重复项目，非同级财政部门取得的不属于科研事业收入的经费拨款与横向科研经费款项性质不同，捐赠收入与赞助费款项使用票据不同，但其他收入中银行存款利息收入、租金收入、现金盘盈收入、存货盘盈收入、收回已核销应收及预付款项、无法偿付的应付及预收款项是要缴营业税和所得税的。
　　新修订的《高校会计制度》将校办企业(法人实体，相当于子公司)投资收益在其他收入项下做投资收益核算，而附属单位(中小学、附属医院)缴款一般是实行独立核算的承包单位(非法人实体，相当于分公司)缴入承包费等。
　　校办企业与附属单位的区别是，一个是法人实体，一个是非法人实体，为什么附属单位是独立核算呢?因为法律主体与会计主体不是同一概念，法律主体一定是会计主体，会计主体不一定是法律主体。
　　这样设计就太复杂了，因为附属单位又分为附属事业单位，如附属学校、科研所、附属医院，和附属服务单位，如学校食堂、卫生室。高校对附属事业单位是附属单位缴款，对附属服务单位又是经营收入。如果附属单位独立出去成为法人单位，譬如组建后勤集团，或者这些学校、科研所或医院是法人单位呢?那又是投资收益了。经营收入与其他收入和附属单位缴款核算内容又存在重复的情况，而且这是就单个高校本部而言的。对整个高校财务报表来说，附属单位缴款就是高校本身的经营收入或其他收入。从高校采用核算中心的财务体制来讲，附属单位就是一个报账单位，它当然不会做上缴上级支出了，最多会做内部往来，或者不做账。所以，笔者理解，这个附属单位缴款应该设为经营收入的二级科目，下面再按附属单位设计明细科目，此其一。其二，高校管理层及教职工对高校收入有个认识误区，认为高校是财政拨款单位，不需缴税的。税法规定，高校的免税收入不能分别核算，应与应税收入合并计算缴纳营业税和所得税。这样，《高校会计制度》为什么不设计成免税收入和纳税收入?我们说高校财务报表是反映高校财务状况的，这样设计是为了清楚反映独立核算非法人单位、独立核算法人单位及本部的盈亏状况。还有一个变通的办法，就是将高校纳税收入与免税收入作为四级科目核算或者设置辅助账簿登记，这样，既帮助高校合理避税又真实地反映了财务状况。
　　相应地，经营支出、后勤保障支出、对附属单位支出、其他支出，这些是为了与收入项目配比。但这样设计也有问题。首先其他支出项目就如同企业的营业外支出一样，很难与收入完全配比;对附属单位支出是用财政补助收入之外的收入对附属单位补助发生的支出，过去叫调剂支出，也就是内部其他附属单位缴款补助政策性差的附属单位;后勤保障支出、对附属单位支出实际上都是对独立核算附属单位的补助支出，只不过前者是财政补助资金，后者是自有资金。财政资金对附属的后勤集团支出可以列入后勤保障支出;财政资金对附属的校办企业或控股企业支出，应是增加长期股权投资。实务中高校是很难将这两种资金分得开的，即使分得开，经营支出、后勤保障支出、对附属单位支出、其他支出核算内容也有重复的。高校是财政资金只保证基本支出和项目支出以及行政管理支出和离退休支出，后勤集团收入不足以弥补支出，则通过财政资金补助，所以后勤保障支出是与财政补助收入配比的，本身也是含有自有资金的。之所以重复设置了后勤保障支出、对附属单位支出，是因为旧高校会计制度本身就有对附属单位支出，新修订的《高校会计制度》增设了后勤保障支出。就单个高校本部而言，设计后勤保障支出、经营支出、对附属单位支出、其他支出，第一项是财政补助资金，后三者是经营支出，但是从高校采用核算中心的财务体制来讲，附属单位就是一个报账单位，它也不会做上级补助收入，最多会做内部往来，或者不做账，只在自己限额内报账就行了。所以，笔者理解，这个对附属单位支出应该设为经营支出的二级科目，下面再按附属单位设计明细科目，然后再按是否免所得税设置纳税经营支出和免税经营支出，或设置辅助账。
　　笔者怀疑，这些经营类收支项目的设计，高校的会计核算能做到那么细吗?所以，笔者设想，这个附属单位缴款和对附属单位支出就设计成内部往来，这样便于汇总财务报表，但是这里面有个问题，就是附属单位缴款有可能是纳税收入。经营收入、其他收入、经营支出、其他支出本身也存在核算内容重复的问题，而且经营类业务并非高校的主要业务，为简化核算，笔者建议只设置其他收入、其他支出，再按独立核算单位(包括本部)设置二级科目，然后按纳税与免税项目设置三级科目。这种分类一定要细化，否则，高校编制汇总财务报表时，与附属单位的收支项目抵消时存在困难。
　　所以，高校经营类业务审计的重点是收入分类及支出配比以及免税收入分开核算，避免税务机关将免税收入合并为应税收入，全额纳税，维护高校的合法权益。

　　(五)关注内部往来款项
　　高校财务报表审计还必须关注内部往来款项。高校一般设有二级独立学院、三级中小学校、附属医院、科研院所，甚至还有四级附属服务单位，一些高校还创办校办产业以及控股企业，其上下之间在资金、资产、收支业务活动中存在密切的联系。提到往来款项审计，不少注册会计师首先想到的是函证，这是证实其余额的最简单的方式。但笔者认为，审计内部往来款项并不必函证或抽查凭证，可将往来款与对方明细科目核对，对不上再请高校核算中心及附属单位查找原因，如果无法进行调账，那只好考虑意见类型了。两边核对法的好处是，容易查找差异原因，譬如，高校其他应付款高于附属单位其他应收款，就有可能是附属单位缴款挂账;如果附属单位其他应付款小于高校其他应收款，则有可能是高校处室或其他独立学院到该附属单位报账。如果是注册会计师负责整个高校审计或汇总财务报表，那么，核对法是最简单有效的方式;如果注册会计师只做部分附属单位，那也只好采用函证或抽查凭证了。

　　(六)或有事项的审计
　　高校财务报表审计还有一个必须关注的事项，就是或有事项。这里讲的关注或有事项，是查找与高校账内存在一定联系的或有事项，关注存在或有事项的迹象。高校银行账户经财政部门备案为查找或有事项提供了一定的方便。往来款项会显示可能遗漏的附属单位或校办产业。账面有房屋租金收入，但没有相应房屋的账面记录，可能存在已竣工但未办理产权登记及入账手续。将房产、设备管理部门的统计台账、固定资产卡片与固定资产明细账核对，可能发现未入账的房产、设备。到高校校区，尤其是新校区察看，记录房产数量、座落，新旧程度，与高校固定资产和在建工程明细账核对，查找账外房产。查看校内校外店面房及住宅性用房出租，检查高校明细账，查看这一房产以及租金收入是否入账;办理汽车保险费的合同与单据可以提供实际拥有汽车的数量。实地盘点车辆、设备，如果存在数量较多的盘盈，则可能存在未入账的车辆、设备;如果存在数量盘亏，有可能是变卖设备、报废车辆，账面未作处理。取得银行贷款卡，检查有无对外担保事项。检查预付账款明细账，看是否存在人民法院等敏感单位，询问是否存在未决诉讼。检查其他支出明细账，看是否存在案件受理费、诉讼费支出，追索寻找是否存在未入账担保责任。值得一提的是，与高校账内没有联系的或有事项，注册会计师不必投入更多的精力，也没有必要或可能专门查找或有事项。
　　值得一提的是，高校财务报表审计是履行受托责任，是为财政监管工作服务的，除了执行审计准则的规定，按常规出具审计报告外，还可能负有对财政部门出具其他监管报告的责任。不过，这种监管责任描述应该是粗略的，因为，如果过于详细，注册会计师关注点过多，不太现实，而且专项经费的明细应当在专项审计报告中体现。大体上讲，如下事项需要予以关注，或在审计报告中特别说明：
　　(1) 在校学生类别、人数，老师人数，师生比及各类人员人数等;(2)收费项目、收费标准及实际收费情况;(3)应缴财政专户款入账情况;(4)开立银行账户和账户余额情况;(5)专用资金使用情况;(6)年终财政补助结转和结余分配情况;(7)对外投资和政府采购情况。