目前，挂靠经营方式普遍，特别是在交通运输行业更为常见。挂靠经营如何开具发票，受票方如何抵扣进项税，一直是困扰企业和税务机关的问题，也常常为此产生争议。
　　对于挂靠经营行为，增值税暂行条例实施细则第十条明确，单位租赁或者承包给其他单位或者个人经营的，以承租人或者承包人为纳税人(未包括挂靠)。《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2013〕106号)附件1《营业税改征增值税试点实施办法》明确，单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人(以下统称承包人)以发包人、出租人、被挂靠人(以下统称发包人)名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。但对于挂靠经营如何开具专用发票，受票方如何抵扣进项税没有明确。
　　《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第39号)规定，自2014年8月1日起，纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：(一)纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务;(二)纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据;(三)纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
　　国家税务总局公告2014年第39号解读稿明确，对于挂靠经营如何适用本公告，需要视不同情况分别确定。第一，如果挂靠方以被挂靠方名义，向受票方纳税人销售货物、提供增值税应税劳务或者应税服务，应以被挂靠方为纳税人。被挂靠方作为货物的销售方或者应税劳务、应税服务的提供方，按照相关规定向受票方开具增值税专用发票，属于本公告规定的情形。第二，如果挂靠方以自己名义向受票方纳税人销售货物、提供增值税应税劳务或者应税服务，被挂靠方与此项业务无关，则应以挂靠方为纳税人。这种情况下，被挂靠方向受票方纳税人就该项业务开具增值税专用发票，不在本公告规定之列。
　　根据国家税务总局公告2014年第39号的解读可以看出，对于开票方，如果存在挂靠经营，挂靠方应以被挂靠方名义开展业务，被挂靠方作为纳税人，这样被挂靠方可以向受票方开具发票;如果以挂靠方自己名义开展业务，挂靠方为纳税人，这时由被挂靠方开具发票则属于虚开行为。对于受票方，不仅要做到合同签订、发票开具和付款对象相一致，还要注意，纳税人必须要真实销售了货物或提供了劳务，纳税人向受票方收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据。这意味着，增值税进项抵扣应按《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发〔1995〕192号)“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣”的规定执行，即必须是“货物流、发票流和资金流”三者相一致。否则，开票方可能被认定为是虚开专用发票，受票方不能抵扣进项税。
　　结论
　　上例中，如果挂靠人以运输公司的名义对外经营，并由运输公司承担法律责任，运输公司为纳税人。此时，运输公司不属于虚开发票行为，受票方可以抵扣进项税。如果挂靠方以自己名义向受票方提供运输服务，且运输合同是受票方和挂靠人签的，挂靠人为纳税人，这时发票由运输公司开具，属于虚开发票行为，受票方属于恶意接受虚开专用发票行为。