“三因素”的确定。《办法》第十五条明确规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。

这就将“三因素”的所属区间统一限定为“上年度”，改变了《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法>的通知》(国税发〔2008〕28号)文件对“三因素”所属区间“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的规定，保证了一个纳税年度内上半年预缴、下半年预缴以及汇算清缴都采用一个所属区间的“三因素”数额计算分配比例，还可以克服新设立企业第二年上半年因没有上上年度“三因素”数额而无法参与就地分摊缴税的问题。

第十七条又细化了“三因素”的具体所属区间和具体内涵，即上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。文件明确了“三因素”是会计核算数据，而不是《企业所得税法》规定的概念，不需要进行纳税调整，这可以提高“三因素”的确定性，减少总分支机构主管税务机关之间的分歧。

分摊税款比例的调整。第十五条规定，分支机构分摊比例按《办法》规定方法一经确定后，当年一般不作调整，即在当年预缴税款和汇算清缴时均采用同一分摊比例。针对上市公司等在首次预缴分摊采用的“三因素”与其后经过注册会计师审计的“三因素”数据存在差异的情况，第十七条进一步说明，在一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构“三因素”数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整，保证了年度内分摊比例的一致性。

同时，第十五条也针对个别情况规定了例外情形，即出现《办法》第五条第(四)项(当年撤销分支机构不再参与分摊)和第十六条第二款(总机构设立具有主体生产经营职能部门视同分支机构，参与分摊)、第三款(企业外部重组与内部重组形成新分支机构不视同新设分支机构，参与分摊)情形外，应重新计算分摊比例。