河南省某投资公司，是几家上市公司的控股股东。2011年，该公司所持一家上市公司B公司股票到期解除限售，为了缓解公司资金流压力，公司将持有的B公司股票的50%在二级市场上抛售，取得了3亿元的转让价款。该笔长期投资B公司股票出售时的账面价值为2.4亿元，企业按照3-2.4×50%=1.8(亿元)计算了该笔长期投资转让所得，并在年度企业所得税申报时按1.8亿元并入了应纳税所得额。

近日，税务机关开展税务检查时发现，该笔长期投资的最初成本是1.8亿元，上市公司B公司2010年盈利情况较好，应该分给投资公司6000万元的利润，但是并没有实际分配，投资公司调增了长期股权投资账面价值6000万元。

企业财务人员解释调增的依据是《企业会计准则第2号—— —长期股权投资》规定，投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资，采用权益法核算。投资公司对B公司投资达到规定比例，采用了权益法核算，根据会计准则的规定，投资公司调整了长期股权投资的账面价值，即从最初的1.8亿元调整到了2.4亿元。由于《企业所得税法》规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，所以该笔投资收益并没有做应税申报。

税务人员告诉企业财务人员，关于长期股权投资的扣除成本，税收与会计的处理存在着差异，应当进行纳税调整。根据《企业所得税法实施条例》第十七条和第七十一条的相关规定，税法关于投资收益的确认，不以被投资企业利润的实现为依据，而主要以利润分配为依据，投资收益确认日期为被投资方作出利润分配决定的日期，长期股权投资转让时的扣除成本以取得时的历史成本为依据。

企业财务人员认为，虽然企业在长期股权转让时调整了转让成本，但是并没有形成少缴企业所得税的事实，因为取得的收入中包括了将来可能分配的利润。

《关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)规定，投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。

文件明确了投资收回时，可以被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得，而居民企业之间的股息所得是投资企业的免税收入，所以企业不进行纳税调整不影响最终的应纳税款。

税务人员告诉企业财务人员，国家税务总局公告2011年第34号并不适用于在二级市场转让上市公司股票情形，只适用于投资企业从被投资企业撤回或减少投资，需要在工商管理机关进行工商登记股权变更，表明企业所有者权益股本的抽出或减少，而不是股权的转让，对于投资企业而言，实质上只是投资资产的转让，而不是投资资产的撤回或减少投资。

此类情况应当适用《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号)的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

所以，该企业该笔长期股权转让所得为3-1.8×50%=2.1(亿元)，对比原来的申报，应调增应纳税所得税额21000-18000=3000(万元)，补税3000×25%=750(万元)。