问题：跨省市分公司独立核算与非独立核算两种核算方式，在企业所得税申报方面是否有区别呢？出具报表审计报告时，分公司的帐是否都有合并到总公司？

答：《中华人民共和国企业所得税法》（中华人民共和国主席令第63号）“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额。”

《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）中关于汇总纳税的二级分支机构的定义：“二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。”

财政部发布的《财政部关于跨省市总分机构所得税分配及预算管理问题的补充通知》（财预【2008】23号）中的表述“原实行独立核算、就地纳税的跨省市总分机构内资企业，其分支机构缴纳的2007年及以前会计年度企业所得税，仍就地缴纳，并由中央与分支机构所在地按照60：40比例风分享；原实行汇总纳税的跨省市总分机构内、外资企业，其缴纳的2007年及以前会计年度企业所得税，继续实行汇总纳税，并由中央与总机构所在地按照60：40比例分享。

据此，跨省市分公司无论选择独立核算还是非独立核算方式，均应汇总计算并缴纳企业所得税，只是在实际执行中会存在分公司选择就地纳税还是汇总纳税的两种征税方式，进而影响企业所得税纳税申报形式。分公司选择就地纳税方式，所得税纳税申报就地缴纳，分公司选择汇总纳税方式，所得税纳税申报则汇总缴纳。总分公司独立核算或非独立核算会计上没有具体限制的规定，母子公司存在合并财务报表。