根据《财政部?交通运输部?税务总局关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕41号）、《财政部?交通运输部?税务总局关于中国（上海）自由贸易试验区临港新片区国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕52号）规定，税务总局配套制发了《国际运输船舶增值税退税管理办法》（以下简称《办法》）。现解读如下：
　　一、《办法》出台的背景
　　为支持海南自由贸易港、上海自由贸易试验区临港新片区建设，财政部会同交通运输部、税务总局先后制发了《关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕41号）和《关于中国（上海）自由贸易试验区临港新片区国际运输船舶有关增值税政策的通知》（财税〔2020〕52号），明确对国际运输企业自境内建造船舶企业购买、在海南洋浦港、上海洋山港登记的船舶，实行增值税退税政策（以下简称“船舶退税”）。为确保船舶退税政策落地，税务总局制发了《办法》，就船舶退税的备案、办理及后续管理等问题予以明确。
　　二、《办法》的主要内容解读
　　（一）适用《办法》的具体范围
　　《办法》第二条明确，运输企业购进符合财税〔2020〕41号文件第一条、财税〔2020〕52号文件第一条规定条件的船舶，按照《办法》办理船舶退税。
　　（二）如何确定船舶退税的退税额？
　　《办法》第二条明确，船舶退税退还的增值税额，为运输企业购进船舶取得的增值税专用发票上注明的税额。
　　（三）适用船舶退税政策的运输企业，如何办理船舶退税备案？
　　《办法》第四条明确，适用船舶退税政策的运输企业，应于首次申报船舶退税时，凭以下资料向主管税务机关办理船舶退税备案：一是内容填写真实、完整的《出口退（免）税备案表》及其电子数据。二是运输企业从事国际运输或港澳台运输业务的证明文件复印件。同时，为便利企业，《办法》明确，上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
　　（四）适用船舶退税政策的运输企业，在填写《出口退（免）税备案表》时，有什么需要特别注意的地方？
　　《办法》第四条明确，适用船舶退税政策的运输企业在填写《出口退（免）税备案表》时，应在“是否提供零税率应税服务”栏次填写“是”；“提供零税率应税服务代码”栏次填写“01（国际运输服务）”；“出口退（免）税管理类型”栏次填写“船舶退税运输企业”；其他栏次按填表说明填写。
　　（五）此前未办理过出口退（免）税备案的运输企业，如在适用船舶退税政策的同时，还开展了货物劳务出口业务，应当如何办理出口退（免）税备案？
　　《办法》第五条明确，适用船舶退税政策的运输企业同时出口货物劳务、且未办理过出口退（免）税备案的，除船舶退税备案所需资料外，还应按现行规定提供加盖备案登记专用章的《对外贸易经营者备案登记表》或《中华人民共和国外商投资企业批准证书》，以及《中华人民共和国海关报关单位注册登记证书》等相关资料。
　　（六）已办理船舶退税备案的运输企业，不再从事国际运输业务的，是否需要向税务机关办理备案变更手续？如何办理？
　　需要办理。《办法》第七条明确，已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合财税〔2020〕41号、财税〔2020〕52号文件规定的退税条件的，须自条件变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更，并自条件变更之日起，停止享受船舶退税政策。
　　（七）适用船舶退税政策的运输企业，应当如何申报办理船舶退税？
　　《公告》第九条明确，运输企业向主管税务机关申请办理船舶退税时,提供下列资料及电子信息:一是财税〔2020〕41号、财税〔2020〕52号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件。其中，此前已向主管税务机关提供过的资料，如无变化，企业无需重复提供。二是《购进自用货物退税申报表》及其电子信息，并在该表业务类型栏填写“CBTS”，备注栏填写“船舶退税”。三是境内建造船舶企业开具的增值税专用发票及其电子信息。四是主管税务机关要求提供的其他资料。同时，为便利企业，《办法》明确，上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
　　（八）运输企业在申报船舶退税时，需要提供境内建造船舶企业开具的增值税专用发票，对于上述发票有什么特别要求？
　　《办法》第九条明确，运输企业购进船舶的增值税专用发票，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。
　　（九）已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合财税〔2020〕41号、财税〔2020〕52号文件规定情形的，是否需要补缴已退税款？
　　需要补缴。《办法》第十二条明确，已退税船舶发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等不符合财税〔2020〕41号、财税〔2020〕52号文件规定的退税条件的，运输企业应当在条件变更次月的纳税申报期内，向主管税务机关办理补缴已退税款手续。应补缴税款按以下公式计算得出：
　　应补缴税款＝购进船舶的增值税专用发票注明的税额×（净值÷原值）
　　净值＝原值-累计折旧
　　（十）运输企业发生骗取船舶退税等违法违规行为的，应当如何处理？
　　《办法》第十四条明确，运输企业发生骗取船舶退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。
　　三、执行期限
　　财税〔2020〕41号文件明确，海南船舶退税政策的施行期限为2020年10月1日至2024年12月31日，财税〔2020〕52号文件明确，上海船舶退税政策的施行期限为2020年11月1日至2024年12月31日，施行期限均以《船舶所有权登记证书》的签发日期为准。根据上述规定，《办法》发布后，凡是《船舶所有权登记证书》签发日期在上述政策施行期间的，均可按《办法》申请船舶退税。